Syaikh Muhammad Najih Maimoen dikenal sebagai sosok yang begitu getol dan istiqomah dalam mempertahankan nilai-nilai dan ajaran-ajaran Islam yang diwarisi dari para ulama Ahlussunnah Wal Jama’ah. Beliau menyiarkan secara konsisten ilmu-ilmu warisan ulama salafusshalih dalam setiap pengajian, ceramah, dan kajian ilmiah beliau yang lain dalam Aqidah, Fiqh, Tafsir, Hadits, Tashawwuf, dsb serta selalu memberikan penjelasan dan pelurusan yang diperlukan dalam memahami kitab-kitab. Beliau begitu perhatian terhadap permasalahan-permasalahan dalam dunia Islam dan Barat yang terungkap dalam berbagai pemikiran beliau, salah satunya dalam ilmu pendidikan.
Seiring dengan pesatnya laju modernisasi Barat yang terpengaruh dengan nilai-nilai liberal dan sekuler dimana banyak para cendekiawan muslim terpengaruh bahkan taklid buta dengan paradigma Barat, Syaikh Muhammad Najih Maimoen masih mempertahankan ajaran-ajaran dan metodologi pendidikan ulama salaf yang terhimpun dalam suatu pendidikan yang bernama pesantren.
Pesantren merupakan sebuah lembaga pendidikan yang tidak hanya mendidik kecerdasan intelektual dan emosional semata, namun juga kecerdasan spiritual. Pesantren salaf merupakan salah satu lembaga pendidikan Islam yang sangat relevan dengan zaman dalam mempersiapkan ulama masa depan sekaligus sebagai garda depan dalam memfilter dampak negatif kehidupan modern.
Menurut beliau, tujuan seorang santri untuk mondok adalah semata untuk mendapatkan keselamatan di dunia dan akhirat yang diraih dengan konsistensi dan mempertahankan keyakinan dan pengamalan ajaran Islam yang benar sesuai tuntutan para ulama. Santri harus belajar lillahi Ta’ala, tidak boleh karena ingin mendapatkan keramat, kedudukan tinggi, pengaruh di masyarakat, bahkan hanya untuk mencari imbalan harta, karena hal itulah yang sebenarnya menjadi ancaman serius bagi para santri dalam beristiqamah dengan ajarn Islam sehingga akhirnya terseret dalam tindakan-tindakan khurafat, bid’ah-bid’ah buruk, bahkan liberal dan sekuler.
Ketika banyak cendekiawan muslim seperti Muhammad Abduh, Fazlur Rahman, dan Wahid Hasyim menekankan intregasi pendidikan agama dengan pendidikan umum dalam satu lembaga, Syaikh Muhammad Najih Maimoen tetap membela sistem pembelajaran di pesantren salaf yang bersumber dari kitab-kitab para ulama salaf meski juga tetap membolehkan adanya sistem klasikal seperti halnya kebijakan para kyai-kyai pendahulu.
Ilmu agama di pesantren salaf yang sudah mapan selama berabad-abad lamanya tidak perlu dicampur dengan ilmu-ilmu umum yang biasa diajarkan di sekolah-sekolah umu seperti IPA, IPS, Bahasa Inggris, sosiologi, dsb kecuali sebagai penunjang seperlunya terhadap pelajaran-pelajaran di pesantren. Kelembagaan pendidikan umum dan pendidikan agama di pesantren harus terpisah. Meski bagi kebanyakan pemikir muslim bersifat dikotomis, kebijakan ini sangatlah sesuai karena kebanyakan lembaga pendidikan yang mencampur antara pelajaran umum dan agama menelurkan lulusan yang mentah dalam keduanya. Selain itu, pelajaran-pelajaran umum yang diajarkan di sekolah juga banyak mengandung unsur-unsur peradaban Barat seperti sekularisme, liberalisme, feminisme, dsb.
Pendidikan yang diajarkan oleh Syaikh Muhammad Najih Maimoen adalah perpaduan antara ilmu, amal, dan adab. Beliau menekankan pengajaran yang mampu menguatkan iman, menstimulasi pengamalan ilmu, serta mementingkan adab terhadap ilmu dan para ulama. Kombinasi tiga komponen inilah yang menjadikan pendidikan yang dilakukan beliau menjadi unik dan jarang ditemukan di lembaga pendidikan bahkan pesantren lain.
Keteguhan beliau dalam mempertahankan eksistensi pendidikan pesantren salaf ini selain sebagai rasa hormat dan loyalitas meneruskan perjuangan para ulama terdahulu, juga karena fakta bahwa pendidikan pesantren telah berdiri kokoh selama berabad-abad lamanya dan tetap akan selalu eksis dan relevan terhadap kebtuhan dan pembangunan masyarakat yang menjunjung tinggi nilai-nilai Islam.
